塩基配列を打ち込むと、その場でらせんが組み直される。下のラダーか立体の塩基を押すとその塩基対を選べて、A・T・G・C の 4 つから書き換えられる。ほどく量を上げると、端から順に 2 本鎖が離れていく。
2 本のヌクレオチド鎖が逆向き（逆平行）に向かい合い、右巻きの二重らせんをつくる。
外側の骨格はリン酸と糖（デオキシリボース）のくり返しで、塩基は内側を向く。
塩基の組み合わせは決まっていて、A と T は水素結合 2 本、G と C は 3 本である。これを相補性という。
らせん 1 回転はおよそ 10 塩基対、長さにしておよそ 3.4 nm で、らせんの太さはおよそ 2 nm である。
片方の鎖の配列が決まれば、もう片方も自動的に決まる。これが複製や転写のしくみの土台になる。
G と C は水素結合が 1 本多いぶん結びつきが強く、GC 含量の高い DNA ほど熱で分かれにくい。