細胞分画法は細胞の各構造を分離する方法で、細かくは以下の手順からなる。
細胞をすりつぶす
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それを遠心分離器にかける
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それを上澄み液と沈殿に分ける
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上澄み液を再び遠心分離器にかける（以降くりかえし）
すりつぶした破砕液はホモジネートといい、すりつぶす道具をホモジナイザーという。
細胞をすりつぶすときの注意点
★低い温度で行う
実験室では氷で冷やしながらでも構わない。細胞をすりつぶすとリボソームが壊され、中の分解酵素が漏れる。低温度ではこの分解酵素が働かず、細胞内構造が保たれる。体温に近い温度では分解酵素が働き、構造が壊れてしまう。
★等張液中で行う
等張液中で行わないと各細胞小器官は水を吸収して壊れる。
遠心分離器で取りだされる順番
核・細胞壁
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葉緑体
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ミトコンドリア
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小胞体・リボソームなど
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細胞質基質
遠心分離器にかけると破砕液は密度の高い（重い）沈殿と軽い上澄み液とに分かれる。上澄み液はさらに遠心分離器にかけられるとさらに沈殿と上澄み液に分かれる。こうして細胞内構造を重い順に取りだす。
