標高は東京湾、海抜は近くの湾の高さを基準にします。東京近郊では標高と海抜がほぼ一致し、東京とその他の地域ではずれる可能性がある。

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標高は東京湾を基準にする
富士山の標高は3776mです。これは富士山の頂上が東京湾よりも3776m高いことを意味します。標高は山などによく使われます。
海抜は近くの湾の高さを基準にする
東京湾と他の湾で高さが大きく違うことはほとんどありませんが、定義上は「近くの湾」を基準にしています。海抜は山ではほとんど使われず、丘や高台などの「海に比較的近いところの高さ」で用いられます。