pandas の DataFrame をインデックスなしで csv に書き込むとき方法。
import pandas as pd
df = pd.read_csv('H30.csv', encoding='SHIFT-JIS')
rows = df.loc[df['市区町']
rows.to_csv('out/h30.csv', index=False)
to_csv のオプション引数に index=False を指定する。
rows.to_csv('out/h30.csv', index=False)
メモ
csv ファイルに書き込むために DataFrame のインデックスを変える必要はない。