蓼食う虫は好き好きとは、人の好みは千差万別であるということ。
語源は、蓼の茎や葉っぱは苦いにも関わらず好んで食べる虫がいるため、こんなに苦い葉っぱや茎を好むものもいれば、甘いものや辛いものを好むものもいることから。
よく使われる例としてはある会社で部下の結婚式に出席し、新郎新婦が登場して来た際に、出席した者同士で交される会話の中にしばしば登場します。
新郎又は新婦の器量が自分のタイプではなかった時にお互い顔を見合わせて、「蓼食う虫も好き好きだね!」「そうだね」などといった会話が一般的に使われるのではないでしょうか。
なので自分には合わないけれども人それぞれ好みが違うものだという例えで使われています。